De KNR ontstond in 1980 als opvolger van de sinds 1972 bestaande stichting STRES (Stichting Religieuze Secties en Kommissies).
Met de oprichting van de KNR werden uiteenlopende activiteiten van al langer bestaande werkverbanden en commissies in één organisatorisch kader samengebracht. Zo waren er al diverse Samenwerkingsverbanden voor de broeders en fraters (SBCN), voor de priesterreligieuzen (SNPR), voor de contemplatieve vrouwelijke religieuzen, ook wel monialen (SMB) en voor de actieve vrouwelijke religieuzen (SNVR). Naast deze samenwerkingsverbanden per groep waren er ook al commissies en werkgroepen die voor alle religieuzen rond bepaalde onderwerpen samen kwamen. Bijvoorbeeld rond kerkrechtelijke aangelegenheden (KAR), rond financiële zaken (FKR), rond ouderenzorg (AKOR en later VOR), rond publiciteit en rond missie (CMBR) en rond solidariteit (PIN en KOS).
In de loop der jaren groeide het besef dat de religieuzen gemeenschappelijke doelen en belangen had. Er is meer wat de religieuze instituten bindt dan wat hen scheidt. Die veranderende situatie leidde in 1999 tot een statutenwijziging, waardoor de KNR geen instantie meer was naast de Samenwerkingsverbanden, maar de organisatie waarbinnen zij zich aaneensloten. Een logische vervolgstap is de opheffing van de Samenwerkingsverbanden. Dit is per 1 januari 2004 gebeurd.
Veel commissies en werkgroepen bleven bestaan onder de vlag van die ene KNR. Totdat eind 2019 besloten werd de nog bestaande 13 commissies op te heffen en hun aandachtsvelden onder te brengen in twee nieuwe commissies: CBB (Commissie Beheer en Bestuur) en CPR (Commissie Presentie Religieuzen in de wereld van vandaag en morgen). Daarnaast was er de permanente werkgroep KNR-PIN (voor financiële ondersteuning aan projecten in Nederland) die onder de CBB viel. In 2025 is deze werkgroep weer een zelfstandige commissie geworden.